Lễ khởi công dự án khu bến Đầm Môn giai đoạn 1 lẽ ra đã được tiến hành từ 25.1.2008. Tuy nhiên, ngày 15.1.2008, phó Thủ tướng Hoàng Trung Hải có công văn yêu cầu dừng khởi công, để làm rõ một số vấn đề liên quan.

Nguyên nhân của trục trặc này là từ cuối năm 2007 liên doanh POSCO (Hàn Quốc) - VINASHIN cũng muốn đầu tư vào khu vực Đầm Môn, xây dựng tổ hợp luyện thép – nhiệt điện, với tổng mức đầu tư khoảng 11 tỉ USD.[3] Dự án của Posco bị nhiều bộ ngành hữu quan phản ứng, vì quan ngại ô nhiễm môi trường, phá vỡ quy hoạch khu kinh tế Vân Phong và lấn mất phần lớn diện tích dự kiến dành cho cảng trung chuyển quốc tế Vân Phong. Báo chí, công luận và rất nhiều nhà khoa học, nhà quản lý, chuyên gia cũng lên tiếng phản đối mạnh mẽ dự án của Posco ở Vân Phong. Ngày 13.11.2008, phó Thủ tướng Hoàng Trung Hải có công văn đề nghị tỉnh Khánh Hòa chính thức từ chối Posco đặt nhà máy thép ở Vân Phong.

Sau một thời gian dài trì hoãn, ngày 31/10/2009, cảng trung chuyển container quốc tế Vân Phong đã chính thức khởi công[4]. Giai đoạn khởi đầu, không giống với dự đoán về vốn đầu tư nước ngoài theo hình thức BOT (như đã nêu trên), chính Vinalines làm chủ đầu tư xây dựng 2 cầu tàu có tổng chiều dài bến 690m tại khu vực Đầm Môn (vịnh Vân Phong, tỉnh Khánh Hoà) với hệ thống trang thiết bị bốc xếp, kho bãi, cơ sở hạ tầng kỹ thuật đồng bộ, hiện đại, đạt tiêu chuẩn quốc tế, tạo tiền đề kích thích đầu tư các bước tiếp theo. Mỗi cầu tàu có thể tiếp nhận tàu container công suất đến 9.000 TEU (container tiêu chuẩn 20f), khả năng thông qua 0,5 triệu TEU/năm[5]. Chính phủ Việt Nam đã quyết định chọn cảng Vân Phong làm cảng cấp quốc gia cửa ngõ quốc tế (loại 1A).[cần dẫn nguồn]

Dự kiến, cầu tàu thứ nhất sẽ được hoàn tất trong 18 tháng, riêng khu dịch vụ sau cảng như khu kho bãi container tiêu chuẩn quốc tế cũng như các khu dịch vụ liên quan khác cho hai bến khởi động sẽ được hoàn thành trước. Toàn bộ công trình sẽ được hoàn thành và đưa vào khai thác vào năm 2013, có khả năng thông qua 0,5 triệu TEU/năm. Dự án giai đoạn khởi động được thiết kế bởi các công ty tư vấn Nippon Koei (Nhật Bản) và Port Coast (Việt Nam).

Theo báo Giao thông vận tải, tổng vốn đầu tư của giai đoạn này lên tới hơn 4.000 tỷ đồng, được thu xếp từ 3 nguồn. Thứ nhất là nguồn vốn tự có thông qua lợi nhuận tích lũy được của Tổng công ty Hàng hải Việt Nam (Vinalines). Thứ hai là nguồn vốn có được từ việc cơ cấu lại một số khoản đầu tư tài chính có tính thanh khoản cao, hiệu quả cao. Và cuối cùng, với uy tín và hệ số tín nhiệm của Vinalines trong những năm vừa qua, Tổng công ty cũng đã thu xếp được một số khoản vay tại các ngân hàng lớn.

Thực ra, theo quy hoạch trước đây được Chính phủ phê duyệt, hai bến khởi động của cảng Vân Phong được thiết kế để đón tàu 6.000 TEU. Nhưng Vinalines nhận thấy đây là cảng trung chuyển phải tiếp nhận những tàu cỡ lớn nhất trên thế giới nên việc xây cầu tàu 6.000 TEU sẽ không tạo lợi thế cạnh tranh. Vì vậy, Tổng công ty này đã xin phép điều chỉnh lại thiết kế kỹ thuật hai bến khởi động để tiếp nhận được tàu 9.000 TEU. Sau hai bến đầu tiên này, Vinalines có kế hoạch xây các bến có thể tiếp nhận tàu từ 12.000 - 15.000 TEU.